Město Mikulov je vymezeno přírodními dominantami třech nejjižnějších kopců Pálavy - Svatého kopečku, Turoldu a Zámeckého vrchu, které také určují jeho půdorys. Lidé se v kotlině na jihu Pálavy usazovali odpradávna a snad již od paleolitu tudy procházela obchodní stezka zvaná jantarová. Od konce 11. století patřila zdejší oblast k Moravě. První písemná zmínka o Mikulovu se váže k roku 1249, kdy jej získal Jindřich z Liechtensteina a rodu Liechtensteinů patřilo město s panstvím až do roku 1560.
Počátky osídlení se soustředily zřejmě v blízkosti kostela sv. Václava a okolí dnešní České ulice. Město samotné se ovšem konstituovalo okolo hlavního náměstí, kde se odehrávaly trhy. Právo týdenního trhu Mikulov získal v roce 1279 - byl tedy důležitým uzlem, který těžil ze své výhodné polohy na trase dálkových cest.
V první polovině 15. století žilo ve městě dle odhadu na 2 500 obyvatel. V této době nebylo ještě chráněno hradbami, ale pouze příkopem. Kamennými hradbami byl Mikulov opevněn až na konci 16. století a do města se vstupovalo dvěma branami. V místě dnešního Kostelního náměstí stála Horní (Brněnská) brána, na jižním konci Dolní (Vídeňská) brána. Obě byly zbořeny v letech 1836-1837 spolu s podstatnou částí hradeb. Ještě v 16. století vznikla dělostřelecká věž na Kozím vrchu jako součást fortifikačního systému, který měl chránit město a zámek ze severu.
Existence kostela sv. Václava je písemně doložena již ve 13. století a jeho zasvěcení tomuto světci naznačuje české založení. Románský předchůdce dnešního kostela byl však v roce 1426 vypálen husity. Presbytář kostela, který je jeho nejstarší dochovanou částí, pochází nejpozději z první čtvrtiny 15. století. Svou dnešní podobu získal chrám během první třetiny 17. století za Františka kardinála Dietrichsteina. Tehdy bylo zaklenuto trojlodí křížovými klenbami s hřebínky, zdobené bohatým štukem. K drobným stavebním úpravám docházelo ovšem ještě i v následujících staletích. Ke kostelu patří renesanční čtyřpatrová věž s arkádovým ochozem.
Ke stavbám, které si zasluhují pozornost, se řadí renesanční dům U rytířů, stojící na náměstí. Byl vybudován po zničujícím požáru města roku 1561 přestavbou několika gotických domů. Jeho fasádu do výše prvního patra pokrývá velice kvalitní sgrafitová výzdoba s motivy biblickými (potopa světa, Kristův křest aj.) i světskými (lovecké výjevy, hudebníci, tanečníci aj.).
V roce 1575 získali město Dietrichsteinové a z nich zejména František kardinál Dietrichstein poznamenal tvář Mikulova výrazným způsobem. Vytvořil z něj kvetoucí město s kulturním a politickým životem, soustředěným kolem zámku a nově založených církevních a vzdělávacích institucí. V roce 1611 pozval do města řád kapucínů, který zde u městské hradební zdi vybudoval téhož roku klášter. Vedle něj nechal v roce 1623 vystavěl loretánskou kapli, kopii italské Santy Casy v Loretu. O zhruba třicet let později nad ní byl dostavěn kostel sv. Anny a ve druhé polovině 17. století byla k loretánskému kostelu přistavěna klenotnice a sakristie (dnes štukový sál). Na počátku 18. století bylo podle projektu Jana Bernarda Fischera z Erlachu původní jednověžové průčelí nahrazeno průčelím dvouvěžovým s monumentální kamennou sochařskou fasádou ve stylu pozdního římského baroka. V roce 1784 však celý areál podlehl požáru. Stavba chátrala a teprve v polovině 19. století byla upravena jako pohřební kostel s hrobkou Dietrichsteinů.
Kardinál Dietrichstein inicioval také postavení kaple sv. Šebestiána na Svatém kopečku. Nedaleko ní stojí kampanila - dle italských vzorů samostatně situována zvonice. Cestu k tomuto poutnímu místu lemují kaple křížové cesty se sochařskou výzdobou z doby okolo roku 1700. K jedněm z historicky nejvýznamnějších staveb ve městě patří tzv. kanovnické domy, které byly po roce 1625 vystavěny pro kanovníky kapituly sv. Václava. Jde o budovy postavené v pozdněrenesančním duchu, jež ovšem nesou stopy pozdějších barokních úprav.
Dalším významným činem Františka Dietrichsteina bylo uvedení řádu piaristů do Mikulova. Řád získal starý špitál s kostelem sv. Jana Křtitele, založeným ještě ve středověku. Piaristé započali rozsáhlé stavební úpravy, během nichž vznikla řádová kolej a škola. Zásadním způsobem byl přestavěn kostel, jehož interiér vyzdobil malbami po polovině 18. století Franz Anton Maulbertsch, největší osobnost vídeňské malby 18. století. Piaristickým gymnáziem prošla celá řada významných osobností. Učili zde například Mikuláš Adaukt Voigt, zakladatel české numismatiky, nebo Gelasius Dobner, zakladatel moderní české historiografie. Studoval zde i Jan Evangelista Purkyně. Piaristé působili v Mikulově až do roku 1950.
K významným objektům, dotvářejícím malebný obraz města, patří i kašna se sochou Pomony a monumentální sloup Nejsvětější Trojice na náměstí, které byly vystavěny v průběhu první poloviny 18. století. Na výzdobě sloupu se sochařsky podílel i rakouský sochař Ignác Lengelacher, jehož díla zdobí nejen Mikulov, ale i jeho široké okolí.
Pozoruhodnou kapitolu v dějinách Mikulova zaujímají novokřtěnci. Členové této náboženské sekty byli skvělými řemeslníky, vinaři, staviteli, vynikali v lékařství a lazebnictví, a tudíž se těšili toleranci ze strany katolické vrchnosti. Právě oni se zasloužili o to, že jižní Morava té doby byla považována za "zahradu střední Evropy". Do Mikulova přišli v roce 1526 i se svým vůdcem Balthasarem Hubmaierem, který byl později ve Vídni upálen. V roce 1622 byli díky politickým poměrům císařským mandátem z Moravy vypovězeni. Upomínkou jejich pobytu v Mikulově je zachované fajánsové zboží, které bylo předmětem žádaného vývozu.
Významnou úlohu v historii Mikulova hráli Židé. Plně konstituovaná obec zde vznikla před polovinou 15. století. Díky zřejmému hospodářskému přínosu Židů pro město, který si vrchnost dobře uvědomovala, se Mikulov stal na celá tři století - od poloviny 16. století až do roku 1851 - centrem moravských Židů a sídlem moravských zemských rabínů. Mezi nimi byla celá řada učených mužů, např. i Jehuda Löw ben Becalel, známější jako rabi Löw.
S 3 500 židovskými obyvateli byla zdejší obec po dlouhou dobu nejpočetnější moravskou komunitou. Z židovského ghetta se do dnešních dnů zachovalo jen 90 domů, z nichž řada má ještě renesanční jádro, barokní klenby a klasicistní či secesní fasádu. V první polovině 19. století zde bylo v provozu nejméně 12 synagog a modliteben, z nichž nejdůležitější byla Stará synagoga, původně pocházející snad z roku 1550, jediná nyní zachovaná. Její dnešní architektonické pojetí je výsledkem barokní přestavby. Nejcennější dochovanou památkou ghetta je židovský hřbitov. Svou rozlohou 19 180 m² náleží k největším hřbitovům v republice a svým významem je předním židovským hřbitovem na Moravě. Nalézá se zde kolem 4 000 náhrobků, nejstarší pochází z roku 1605.
Přes ničivé důsledky druhé světové války a komunistického režimu zůstal městu zachován jeho historický ráz a v roce 1952 byl Mikulovu přiznán statut městské památkové rezervace. Po roce 1989 dokázal postupnou obnovou vytěžit z půvabů, daných mu dávnými staviteli, cennou devizu, stavící ho mezi kulturní historická města s evropským přívlastkem.