Seit Enstehung des Großmährischen Reiches im 9. Jahrhundert gehörte das Land unter Pálava zu Orten, die eine wichtige Rolle in politischen Auseinandersetzungen mit südlichen Nachbarn spielten. Im Jahre 1082, als dieses Gebiet an Mähren angeknüpft wurde, gewann das Böhmische Königtum einen wichtigen geographischen Punkt, um die neue mährisch-österreichische Grenze zu verteidigen. Die Überwachungsfunktion wurde schon im 11. und 12. Jahrhundert von einem holzernen Gebäude am Schlossberg erfüllt, wie durch eine archäologische Untersuchung bestätigt wurde. Das Gebäude brannte später nieder. Während der ersten Hälfte des 13. Jahrhundert lies entweder König Ottokar I. von Böhmen, oder sein Bruder, der Markgraf von Mähren Vladislav Heinrich, an dem selben Ort eine steinerne Burg aufbauen.
In der Mitte der Burg befand sich eine Wehrturm (donjon) in der Form von einem unregelmäßigen Viereck mit den Abmessungen von 11 x 16,5 Meter, mit Wänden fast 2 Meter dick. Heute befindet sich hier der Ahnensaal. Zu der spätromanischen Burg gehörte auch eine runde Turm neben dem Tor, die mit dem Palast durch eine Brücke verbunden war.
Im Jahre 1249 schenkte der mährische Markgraf, später Ottokar II. von Böhmen, die Burg an Heinrich von Liechtenstein. Mit dem Namen dieser Steirischen Familie geht die Geschichte der Burg weiter, indem sie später ständig erweitert wurde, um die Verteidigungsbereitschaft und den Wohnkomfort der Familie zu erhöhen. Vielleicht sogar im 13. Jahrhundert entstand die Kantturm, um die Burg von den Kanonenkugeln zu schützen. Die südliche Burg war zugänglich durch ein Tor, das in einem Felsen zwischen dem Palast und der Rundturm ausgehaut wurde. Zwei gotischen Portale stammen aus dem 13. und 14. Jahrhundert.
Der am besten überlieferte gotische Raum der Burg ist die achteckige Kapelle aus dem Jahre 1380, der Jungfrau Maria und dem Heiligen Johannes angeweiht. Die Kapelle ist in der Rundturm eingebaut. In dem Interieur der Kapelle befindet sich ein Rippengewölbe mit einem Bolzen, der mit Christuskopfrelief verziert ist. Während der ersten Hälfte des 15. Jahrhundert wurde die Burg wieder nach Norden erweitert, um eine Vorburg, die von einer Kantturm geschützt war.
Die Gefahr der Türkeneinfälle und die Entwicklung von Feuerwaffen erforderte einen umfangreichen Umbau des Schlosses, der irgendwann um 1540 begann. Damals wurden vier massive Eckbastionen mit abgerundeten Flächen an den Felsen gebaut. Der nordliche Bastion (der Ahnensaal) verzehrte damals das Gebäude des romanischen Wohnpalasts. In der ersten Vorburg wurde im 16. Jahrhundert das Tor verstärkt, und eine neue dreiviertelkreisige Turm (heute Rauchturm genannt) erbaut. Die zweite Vorburg wurde nicht mehr verstärkt, nichtsdestoweniger wurde aber eine Batterieturm auf dem nebenstehenden Hügel erbaut (Ziegenhügel), um die Burg zu schützen.
Die Liechtersteiner besaßen Mikulov bis zum 1560, wenn es von der Kereczényi Familie erworben wurde. Seit 1575 war die Stadt und die Burg im Besitz der Dietrichsteiner, die sie bis zum Jahre 1945 hielten. Der Kardinal Franz Dietrichstein (1570-1636) begann eine umfangreiche Rekonstruktion, die die mittelalterliche Burg völlig veränderte, und zwar in eine representative Renaissancefürstensiedlung, damit sie gut genug für einen Kardinal wäre, der seine Bischofskanzlei und seinen ganzen Hof von Olmütz nach Mikulov umziehen wollte.
Aus dem nordlichen Bastion entstand der Ahnensaal, der Hauptsaal des Schlosses. In dem Saal befinden sich die Fragmente von Porträt-Medaillons der Ahnen. Die Wohnräume wurden auch erweitert um einen nordlichen und einen südlichen Trakt. Die existierenden Trakte (ost und west) wurden durch einen Hängengang mit Arkaden verbunden. In der zweiten Vorburg wurde vor dem Jahre 1640 ein Theatergebäude gebaut. Der Autor der Rekonstruktion war höchst wahrscheinlich ein italienischer Architekt, Giovanni Giacomo Tencalla.
Es wurde ein neuer Zufahrtsweg auf der östlichen Seite des Berges erschaffen. Dieser Weg führte durch ein Tor, das später in der Barockzeit überdacht durch ein Tunnelteil mit Mauernischen (heute Finstertor genannt) wurde. Kardinal Dietrichstein rechnete auch mit der Umgebung des Schlosses - rund um das Schloss wurden mehrere Terrassen erbaut.
Der Nachfolger des Kardinals, Maximilian (1596-1655), übernahm das Gut während dem Hochpunkt des Dreißigjährigen Krieges. Er versuchte die Kriegsfolgen zu minimalisieren durch Unterstützung von Handel und Weinbau. Aus dieser Zeit kommt das riesige Weinfaß (1014 hektoliter), das im Jahre 1643 in dem Schlosskeller unter dem Theater hergestellt wurde. Bis heute handelt es sich um ein einzigartiges Produkt der damaligen Fasß (1014 hektoliter), das im Jahre 1643 in dem Schlosskeller unter dem Theater hergestellt wurde. Bis heute handelt es sich um ein einzigartiges Produkt der damaligen Faßbinderei.
Die Rekonstruktionen des Schlosses und dessen Umgebung gingen intensiverweise fort auch in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhundert unter Fürsten Ferdinand (1655-1698), einem wichtigen Mitschaffer der Habsburgschen Politik. Durch eine Barockrekonstruktion entstand ein Fürstensitz mit Räumen für Repräsentation und Unterhaltung, der dem Sozialstatus des Fürsten angemessen war. Damals wurde zu dem östlichen Trakt eine neue Terasse angebaut. Ein Ballraum, der in dieser Zeit auch erbaut wurde, wurde später in eine Manege geändert. Daneben errichtete man ein Pferdestall.
Im Jahre 1719 kam es zu einem großen Brand in der Stadt, und auch das Schloss wurde davon beschädigt. Der Fürst Walter Xaver Dietrichstein (1664-1738) hat den Wiener Architekten Christian Alexander Oedtl eingeladen, um das Schloss zu erneuern. Die Schlossgebäuden wurden in der selben Form gelassen, aber die ursprünglichen drei Etagen wurden in zwei Etagen umgebaut. Das ganze Schloss wurde eine gleichförmige Fassade gegeben. Neulich enstanden zwei Terrasen und zwar über dem Eingang im Südhof und neben der Sala Terrena (ein Barockerholungsraum). An dem Wiederaufbau des Schlosses nahm ein Brünner Architekt, Franz Antonín Grimm, teil. Bildhauerische Arbeiten wurden an den österreichischen Bildhauer, Ignatius Lengelacher, anvertraut (zum Beispiel das monumentale Portal mit Atlanten an der nördlichen Seite des Südhofes). Schmiedearbeiten führte die Brünner Werkstatt von Heinrich Gottfried Förster durch (Das Tor zum Schlosspark).
Das Theatergebäude wurde im Jahre 1727 erneuert, die Bibliothek zu unterbringen. Heute befindet sich hier, in Barockschränken aus der Hälfte des 18. Jahrhundert, ungefähr 11.000 kostbare Bücher. Den repräsentativen Räumen des Osttraktes, vor allem in dem südöstlichen Bastion, dominiert der luxuriös ausgestattete Thronsaal. In diesem Saal hielten Maria Theresia, Napoleon Bonaparte, und Kaiser Wilhelm I. ihre Tagungen und empfingen Gäste, als sie in Mikulov selber zu Besuch waren.
Kleinere Bauarbeiten in der ersten Hälfte des 19. Jahrhundert, während der Regierung des Fürsten Franz Joseph Dietrichstein (1767-1854) waren die letzten, die das Aussehen des Schlosses veränderten.
Tragisch für das Schloss war der Zweite Weltkrieg. Ganz am Ende der Befreiungskämpfe am 22. April 1945 brannte das Schloss aus. Dank der Initiative des Vereins für die Wiederherstellung des Schlosses in Mikulov war das Schloss wieder erneuert. Die Pläne des Brünner Architekten Otakar Oplatka ermöglichten, das ursprüngliche Barockaussehen des Schlosses zu retten. Diese Rekonstruktion nahm in den 50. Jahre das 20. Jahrhundert statt. Die innere Änderungen unterordneten sich dem neuen Zweck, das Objekt für das Museum zu adaptieren. Das Museum siedelt hier und sorgt für die Verwaltung.